1943年4月,出任第11集团军副总司令兼第6军军长,率部进驻滇西。1944年4月,所部编入中国远征军战斗序列,参加滇西反攻战役。同年9月,宋希濂因误报克服龙陵,被撤职调到重庆陆军大学将官班受训后,黄杰接任第11集团军总司令,指挥4个军11个师。11月初,攻占龙陵,中旬攻占芒市,12月初克复遮放,翌年1月中旬攻克畹町,消灭了侵入滇西的日军。旋越过国境,进入缅甸,继续追击日军,并于1945年1月27日与中国驻印军及盟军美军在芒友胜利会师。
黄杰指挥的11集团军这次反攻滇西缅北战役,经8个月浴血奋战,以伤亡4.8万多人的代价,击败日本侵略军56师团,打通了中国到缅甸、印度的国际交通线,对争取同盟国对中国抗战的物资援助起了重要作用。因指挥对日作战有功,美国政府授予其"自由勋章";国民政府授予其"云麾勋章"。1945年3月,中美盟军准备向日军发起总反攻,成立中国陆军总司令部,他出任第1方面军副司令官兼中印公路东段警备副司令,参与指挥了对日反攻作战。抗日战争胜利后,出任国民党中央训练团教育长兼军官训练团教育长。从1948年7月起身兼长沙绥靖公署中将副主任、第3训练处处长、国防部中将次长、陆军第5编练司令官等职务。
1953年5月23日,黄杰回到台湾以后被擢升台北卫戍司令部司令,并被授予陆军二级上将。并在接下来的几年内连续担任“陆军总司令”兼台湾防卫司令、“总统府参军长”。1954年7月调任“陆军总司令兼台湾防卫总司令”。1957年7月,改任“台湾总统府参军长”。1958年8月任“台湾警备总司令”。1960年晋升为陆军一级上将。1962年12月调任“台湾省政府主席”,任职6年多,颇多实用建树:开辟修建南横、曾文水库、澎湖跨海大桥,颇受赞誉。1969年任台湾“国防部长”。1972年辞去现职,被聘任为台湾“总统府战略顾问”。自1962年起,连任国民党中央常委。1996年黄杰将军病逝于台湾,终年93岁。
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